历经多次拆并风波传闻，国土资源部的命运最终落定。新组建的部门中，谁来承担国土资源部的职责成为行业关注的焦点。
根据国务院总理李克强提请第十三届全国人民代表大会审议的国务院机构改革方案的议案，除国务院办公厅外，国务院新设置组成外交部、国防部等部门26个。
新组建自然资源部、生态环境部、农业农村部、文化和旅游部、国家卫生健康委员会、退役军人事务部、应急管理部共7个部委。重新组建科学技术部、司法部，优化水利部、审计署职责。
国务院机构改革后，新部委产生的同时，监察部、国土资源部等部门不再保留。而国土资源部拆分后，其职责将并入多个部门。
此前国土资源部承担保护与合理利用土地资源、矿产资源、海洋资源等自然资源，规范国土资源管理秩序，优化配置国土资源，规范国土资源权属管理，全国耕地保护，及时准确提供全国土地利用各种数据，节约集约利用土地资源，规范国土资源市场秩序，矿产资源开发的管理、管理地质勘查行业和矿产资源储量、地质环境保护、地质灾害预防和治理、依法征收资源收益，规范、监督资金使用，拟订土地、矿产资源参与经济调控的政策措施等十六项主要职责。
国土资源部与国有土地建设及房地产行业等息息相关。譬如，节约集约利用土地资源就囊括了拟订并实施土地开发利用标准，管理和监督城乡建设用地供应、政府土地储备、土地开发和节约集约利用。拟订并按规定组织实施土地使用权出让、租赁、作价出资、转让等管理办法，建立基准地价、标定地价等政府公示地价制度，会同农业部门监督管理农村集体建设用地使用权的流转。制定禁止和限制供地目录、划拨用地目录等，承担报国务院审批的改制企业的国有土地资产的处置职责。
国土资源部撤销后，其职能将并入哪些部门？据网易房产梳理，此次改革，将国土资源部主要职责并入自然资源部、生态环境部、农业农村部、应急管理部等部门。
房地产高级经济师、土地估价师章林晓认为，国土资源部原有职责中，除明确并入生态环境部、农业农村部、应急管理部等部门之外的其他职责，应该都在自然资源部。换言之，国土资源部原有绝大部分职责将由自然资源部承担，也包括所涉及到的国有建设用地、针对房地产部门等职责。
他还指出，在<组建国家林业和草原局>条例中提出，将国家林业局的职责，农业部的草原监督管理职责，以及国土资源部、住房和城乡建设部、水利部、农业部、国家海洋局等部门的自然保护区、风景名胜区、自然遗产、地质公园等管理职责整合，组建国家林业和草原局，由自然资源部管理。国家林业和草原局加挂国家公园管理局牌子。
在更早之前，国土资源部与住建部因为所涉职责不清有过多年纷争。更有传言称，国土资源部撤销后，其所承担的土地规划与管理职能将划入住建部。此次拆并或许也解决了国土部与住建部在相关职责上的纠葛困扰。
此次改革方案中，国土资源部职责重新分配所涉内容如下：
一、自然资源部：整合国土资源部、发改委等部门职责
为统一行使全民所有自然资源资产所有者职责，统一行使所有国土空间用途管制和生态保护修复职责，着力解决自然资源所有者不到位、空间规划重叠等问题，实现山水林田湖草整体保护、系统修复、综合治理，方案提出，将国土资源部的职责，国家发展和改革委员会的组织编制主体功能区规划职责，住房和城乡建设部的城乡规划管理职责，水利部的水资源调查和确权登记管理职责，农业部的草原资源调查和确权登记管理职责，国家林业局的森林、湿地等资源调查和确权登记管理职责，国家海洋局的职责，国家测绘地理信息局的职责整合，组建自然资源部，作为国务院组成部门。
自然资源部对外保留国家海洋局牌子。其主要职责是，对自然资源开发利用和保护进行监管，建立空间规划体系并监督实施，履行全民所有各类自然资源资产所有者职责，统一调查和确权登记，建立自然资源有偿使用制度，负责测绘和地质勘查行业管理等。
二、生态环境部：涉及国土资源部监督防止地下水污染职责
保护环境是我国的基本国策。为整合分散的生态环境保护职责，统一行使生态和城乡各类污染排放监管与行政执法职责，加强环境污染治理，保障国家生态安全，建设美丽中国，方案提出，将环境保护部的职责，国家发展和改革委员会的应对气候变化和减排职责，国土资源部的监督防止地下水污染职责，水利部的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责，农业部的监督指导农业面源污染治理职责，国家海洋局的海洋环境保护职责，国务院南水北调工程建设委员会办公室的南水北调工程项目区环境保护职责整合，组建生态环境部，作为国务院组成部门。
三、农业农村部：涉及国土资源部有关农业投资项目管理职责整合
农业农村农民问题是关系国计民生的根本性问题。为坚持农业农村优先发展，统筹实施乡村振兴战略，推动农业全面升级、农村全面进步、农民全面发展，加快实现农业农村现代化，方案提出，将农业部的职责，以及国家发展和改革委员会、财政部、国土资源部、水利部的有关农业投资项目管理职责整合，组建农业农村部，作为国务院组成部门。
四、应急管理部：涉及国土资源部的地质灾害防治职责
我国是灾害多发频发的国家，为防范化解重特大安全风险，健全公共安全体系，整合优化应急力量和资源，推动形成统一指挥、专常兼备、反应灵敏、上下联动、平战结合的中国特色应急管理体制，提高防灾减灾救灾能力，确保人民群众生命财产安全和社会稳定，方案提出，将国家安全生产监督管理总局的职责，国务院办公厅的应急管理职责，公安部的消防管理职责，民政部的救灾职责，国土资源部的地质灾害防治、水利部的水旱灾害防治、农业部的草原防火、国家林业局的森林防火相关职责，中国地震局的震灾应急救援职责以及国家防汛抗旱总指挥部、国家减灾委员会、国务院抗震救灾指挥部、国家森林防火指挥部的职责整合，组建应急管理部，作为国务院组成部门。
